Fanning sinh ở Brisbane ngày 15 tháng 8 năm 1969. Ông được nuôi nấng, cùng với hai anh em và một em gái, trong một gia đình Công giáo Ireland[1] ở ngoại ô trong Brisbane Toowong[2]. Cái chết của một trong những anh em của Fanning do bệnh ung thư là nguồn cảm hứng cho "Since You've Been Gone" của Vulture Street'[3].Mẹ của Fanning bắt đầu dạy cậu chơi đàn piano khi còn nhỏ, mặc dù anh chị em của anh ta không thích âm nhạc[4].

Fanning học St. Joseph's College, Gregory Terrace và bắt đầu viết nhạc của riêng mình ở tuổi 15. Fanning đã miêu tả những tác phẩm đầu tay này là "tệ hại"[2], nhưng ghi chú rằng anh thích thú viết và sắp xếp chúng[2]. Sau khi tốt nghiệp St Joseph's, Fanning theo học Đại học Queensland học ngành phóng viên; Tuy nhiên, anh cũng quan tâm đến việc theo đuổi sự nghiệp âm nhạc. Anh rời trường đại học ở tuổi 19 để theo đuổi sự nghiệp âm nhạc.[5]